مطالبی که درباره زندگى خانوادگى آیت اله مشکینی و نیاکان‌شان است وحائز اهمیت است ماجرای جنایت تکان دهنده نادرشاه علیه جد آیت‌الله مشکینی(ره)است که در یکى از کتاب‏هایشان به نام کشکول آورده‏ اند. جد هفتم آیت‌الله‏ مشکینى، به نام ملامحمد تقى، در  روستاى آلِنى زندگى مى‏کردند و محبوبیت فراوانى در میان اهل روستا داشتند. در آن زمان که دوران حکومت نادرشاه بود ـ گویا نادرشاه، از طرف ترکیه با سپاه خودش می ‏آمده، که به روستاى آلِنى می ‏رسد. ایشان نقل مراجعه می ‏کردند. وقتى نادرشاه به چشمه آب می ‏رسد، زن و مرد و دختر و پسر، مشغول برداشتن آب از چشمه بودند. نادرشاه تشنه ‏آب بوده و دختر بچه ‏اى کوزه آب خود را به ایشان می ‏دهد. نادرشاه آب را که می ‏خورد، نگاهى به چهره این دختر می ‏اندازد و مجذوب او می شود.
به دختر می ‏گوید:«شما بیا با من باش». دختر بچه می ‏ترسد و فرار می کند و به ده می ‏آید و در خانه جد آیت‌الله‏ مشکینى بست می نشیند. نادرشاه دستور می دهد که آخوند روستا را که همان جد ایشان ملا محمد تقى بود ـ احضار کنند. وقتى او را پیش نادرشاه مى‏ آورند، نادرشاه به او دستور می ‏دهد که:«عقد این دختر را براى من بخوان!». ایشان هم طبق ضوابطى که هست، پدر و مادر دختر را می خواهد و می ‏گوید که:«ایشان مى‏خواهد با دختر شما ازدواج کند». آنها مى‏گویند که:«مایل نیستیم و نمی ‏خواهیم». ایشان به نادرشاه می گوید که:«من نمی ‏توانم صیغه عقد را اجرا کنم، چون پدر و مادر دختر راضى نیستند».
نادرشاه می گوید:«تو کارى به این کارها نداشته باش. کار خودت را بکن و عقد را بخوان». ایشان میگوید:«نمیخوانم» و به دلیل همین امتناع، نادرشاه دستور میدهد که خمیرى را به شکل عمامه آماده مى‏کنند و به جاى عمامه روى سر ایشان می ‏گذارند و روغنى را داغ می ‏کنند و وسط این خمیر ـ که همان مغز سر این عالم متقى بوده ـ می ‏ریزند و ایشان به خاطر دفاع از حق این دختر و پدر و مادر، شهید می شوند. به هر حال، ایشان از چنین خانواده‏اى برخاسته است. بعد از فوت پدر، به وصیت ایشان، براى ادامه تحصیل به اردبیل می ‏آیند. در اردبیل، مقدارى صرف و نحو می خوانند و بعد با یکى از دوستان یا با استادشان، به قم مشرف می شوند، که اواخر حکومت رضاخان بود و تا پایان عمر خویش در قم می مانند و در این دیار نیز به ملکوت اعلی می پیوندند. روحش شاد" به نقل از جهان تاریخ دهم تیرماه 1391"